Comenzó a competir en el primer campeonato en 1986 y continuó en la categoría hasta 1989. Entre 1990 y 2000 estuvo retirado del certamen. Compitió en Primera División hasta 2012, año en que pierde la categoría por primera vez. Independiente es uno de los clubes fundacionales de la Primera División de futsal argentino y actualmente compite en la categoría. En 2020 compitió en Primera B. Tras la suspensión del torneo original debido a la pandemia, disputó el torneo transición donde superó la fase inicial.
